En convertissant les fichiers d'origine, il y aura forcément une perte de qualité. Ensuite, tout dépend de l'importance qu'on va donner à ce montage, si la qualité doit être bonne ou si on peut se satisfaire d'une légère dégradation.
Dans tous les cas, mieux vaut avoir un ordi suffisamment puissant pour que cette étape ne prenne pas trop de temps (en fonction de la durée du film et de la qualité de réencodage).
Je n'ai pas en tête de liste de logiciels (gratuits ou payants) qui peuvent convertir les fichiers m2ts (chercher sous google).
Pour le montage avec un autre logiciel, là aussi ça dépend du résultat espéré, du temps qu'on a à passer dessus, etc.
Il y a des softs très complets (mais souvent usine à gaz, chers et demandant une puissance conséquente) mais demandent une phase d'apprentissage.
Là aussi je n'ai pas de liste à proposr, chercher sous google les softs qui acceptent le AVCHD en entrée.